Odsjek za pedagogiju osnovan je 1963. i prva generacija studenata koja  je upisala studij na ovom Odsjeku upisala se šk. 1963/64. godine. Pedagoške znanstvene discipline razvijale su se na Filozofskom fakultetu, u okviru Odsjeka za filozofiju, znatno prije osnivanja samog Odsjeka, gdje je okupljen neophodan  kadrovski i organizacijski potencijal. Prvi stalni nastavnici na novoosnovanoj katedri a kasnije Odsjeku za pedagogiju, na pedagoškim predmetima bili su  Petar Mandić, Nikola Filipović, Branko Rakić, Muhamed Muradbegović, a nastavnici na predmetima iz psihologije Aleksandar Bojkovski i Ismet Dizdarević. Pored stalnih nastavnika, jedan broj gostujućih profesora pomogao je stasanju i kadrovskom jačanju Odsjeka za pedagogiju: Zlatko Pregrad, Mihajlo Ogrizović, Boris Petz iz Zagreba, te Borivoje Samolovčev, Tihomir Prodanović i Radivoj Kvaščev iz Beograda. Nesebičnu pomoć u daljnjem razvoju Odsjeka dali su i još neki profesori: Dragutin Franković, Anđelko Krković, Mladen Zvonarević, Nenad Havelka, Muhamed Dervišbegović i dr.

Od 1969. Odsjek za pedagogiju, u skladu s društvenim potrebama, transformiran je u Odsjek za pedagogiju i psihologiju. Zapravo, u tim procesima transformiranja Odsjek najprije nosi naziv Odsjek za pedagogiju s psihologijom, a nešto kasnije mijenja ime u Odsjek za pedagogiju i psihologiju. Odsjek za pedagogiju danas radi kao kadrovski jak i polaznicima atraktivan Odsjek, obrazujući u toku petogodišnjeg studija pedagoge kao stručnjake za oblast odgojno-obrazovnog rada u školskim institucijama, ali i šire. Razvoj Odsjeka stvorio je dobre pretpostavke za jačanje stručnog i znanstvenog potencijala i u oblasti psihologije. U to vrijeme na Odsjeku za pedagogiju i psihologiju razvijali su se i kadrovski stasali psiholozi Ismet Dizdarević, Nedjeljka Gajanović, Ratko Dunđerović, Ejub Čehić, Petar Stojaković, Renko Đapić i dr. Od šk. 1988/89. iz Odsjeka za pedagogiju i psihologiju izdvajaju se dva samostalna odsjeka, Odsjek za pedagogiju i Odsjek za psihologiju. Danas su to dva kadrovski jaka i na Filozofskom fakultetu značajna odsjeka, čiji ugled u stručnoj i znanstvenoj javnosti stalno raste.

Od samog početka rada Odsjeka za pedagogiju, nastavnici, a kasnije i prvi diplomirani studenti aktivno sudjeluju u javnom i kulturnom životu naše zajednice. Odsjek za pedagogiju imao je i ima neprocjenjiv značaj za obrazovanje profila školskog pedagoga, nezamjenjivog stručnog kadra koji je svoje mjesto našao u gotovo svakoj školi u BiH, ali i u drugim djelatnostima. Diplomiranih pedagoga ima danas u oblastima izdavaštva, novinarstva, kulture, umjetnosti, zatim u politici, socijalnom radu, nevladinom sektoru koji se bavi obrazovanjem i pravima djeteta i dr. Nekoliko najznačajnijih pedagoških časopisa, kao što je Naša škola, Prosvjetni list, Porodica i dijete, Obrazovanje odraslih, u pravilu su uređivali nastavnici i članovi Odsjeka za pedagogiju ili ugledni diplomirani studenti i afirmirani suradnici ovog Odsjeka. Odsjek je bio i ostao mjesto okupljanja  prosvjetnih radnika i kadrova koji su se bavili kreiranjem prosvjetne i obrazovne politike, rukovoditeljskim funkcijama u oblasti obrazovanja te stručnim i znanstvenim radom.

Nastavnici ovog Odsjeka svesrdno su pomagali u razvijanju i jačanju pedagoškog kadra u drugim sredinama i na drugim univerzitetima u Bosni i Hercegovini. Oni su od samog početka stasanja Odsjeka aktivno sudjelovali u nastavi pedagoške grupe predmeta na brojnim nastavničkim fakultetima Univerziteta u Sarajevu, kao i na nastavničkim fakultetima nekih drugih univerziteta u BiH. Članovi Odsjeka obavljaju mnoge značajne funkcije i aktivnosti, ne samo u oblasti obrazovanja, znanosti i kulture, nego i u domenu javnog i političkog života. Oni su aktivno sudjelovali u razvijanju pedagoških udruženja, stasanju i afirmaciji pedagoških glasila, obavljali su ministarske funkcije, funkcije predsjednika Predsjedništva BiH (Nikola Filipović), kao i funkcije prorektora, dekana i prodekana, te sudjelovali na brojnim pedagoškim skupovima i susretima u zemlji i inozemstvu. Dvoje nastavnika su i članovi ANUBiH: dr. Petar Mandić i dr. Adila Pašalić Kreso. Pored nastavnog rada i naučnog osposobljavanja stručnjaka iz prakse zainteresiranih za znanstveno-istraživački rad, nastavnici i suradnici ovog Odsjeka objavili su niz zapaženih monografija, studija, udžbenika, zbornika i priručnika.

Pedagoška biblioteka je dobro opremljena, kako domaćom tako i stranom literaturom. Od osnivanja biblioteke odgovarajuće stručne poslove je dugi niz godina obavljala Sunčica Cerić, zatim je u jednom kraćem razdoblju na tim poslovima radila Sadžida Bjelak, zatim Vesna Čolović, a danas Elvira Poljak.

Danas se studij na Odsjeku za pedagogiju organizira u tri ciklusa, pa dodiplomski studij traje tri, a postdiplomski dvije godine. Na oba studijska nivoa postoje opcije jednopredmetnog ili dvopredmetnog studija, što je i tradicionalno postojalo kao mogućnost pri Odsjeku za pedagogiju. Dvopredmetni studij može se  kombinirati s većinom drugih studijskih grupa na Filozofskom fakultetu. Nastavni plan i program studiranja na Odsjeku redovno je bio inoviran i usklađivan s potrebana društva i struke. Odsjek je među prvima na Fakultetu uveo izborne predmete na svim studijskim godinama te usmjerenja u završnoj godini. Slijedeći tokove Univerzitetskog reformskog bolonjskog procesa  od 2005. godine, Odsjek je ponudio i nudi inovacije u svojim planovima i programima, stalno propitujući adekvatnost novih koncepata za suvremene potrebe znanosti i tržišta rada.

Studij pedagogije svake godine privuče velik broj svršenih srednjoškolaca. Pored redovne nastave, Odsjek za pedagogiju, u okviru aktivnosti vezanih uz ideju cjeloživotnog učenja i permanentne stručne izobrazbe nastavnog kadra, redovno organizira i jednosemestralno ili dvosemestralno pedagoško obrazovanje nastavnika srednjih stručnih škola, koji ovo obrazovanje nisu stekli za vrijeme svog (do)diplomskog obrazovanja.

Do sada je na Odsjeku za pedagogiju diplomiralo i steklo zvanje profesora pedagogije 2153 kandidata, znanstveni stupanj magistra postiglo je 159, a znanstveni stupanj doktora znanosti 79 kandidata. Nakon uvođenja Bolonje, I ciklus studija završilo je 417, a drugi ciklus 219 kandidata. Ukupno je do ove akademske godine organizirano deset programa postdiplomskih, magistarskih i specijalističkih studija. Prvi je otvoren 1971/72, a zatim slijede generacije postdiplomaca: 1974/75; 1978/79; 1979/80; 1982/83; 1986/87; 1988/89; 1997/98; 2001/02; 2005/06, 2008/09. Pokrenut je i doktorski studij 2016.godine pod nazivom Teorije i istraživanja kreativnog odgoja i obrazovanja. Polaznici ovih studija bili su uglavnom diplomirani studenti pedagogije, pedagogije-psihologije, ali i nekih drugih usmjerenja koja se stječu pretežito na nastavničkim fakultetima. Kandidati su bili iz svih dijelova BiH, a također iz gotovo svih republika i pokrajina bivše zajedničke države Jugoslavije. U nastavi na postdiplomskim studijama sudjelovali su profesori brojnih drugih fakulteta i univerziteta: Mladen Zvonarević, Nikola Nikša Šoljan, Vladimir Mužić, Boris Petz, Vlasta Spitek, Vlatko Previšić, Neven Hrvatić, Milan Matijević, Vedrana Spajić Vrkaš - iz Zagreba, Tihomir Prodanović, Dušan Savičević, Radivoj Kvaščev, Nikola Potkonjak, Ivica Radovanović - iz Beograda, France Strmčnik iz Ljubljane, Emil Kamenov – iz Novog Sada, Ljubomir Berberović, Arif Tanović, Hasan Hadžiomerović, Zlata Grebo, Tvrtko Švob, Amir Ljubović, Srebren Dizdar, Marina Katnić-Bakaršić, Jasna Bajraktarević, Kemal Bakaršić, Senada Dizdar – iz Sarajeva i drugi. U realizaciji postdiplomskog studija Humanizacija odnosa među polovima sudjelovala su čak 23 profesora-eksperta izvan Odsjeka. Jedan od najznačajnijih postdiplomskih studija je internacionalni magistarski studij Individualizacija i inkluzija u obrazovanju, organiziran s finskim Univerzitetom iz Joensuua (2001-2002), na kojem je nastava ravnopravno realizirana na maternjem i na engleskom jeziku. Dio nastave izveden je za vrijeme jednomjesečnog studijskog boravka studenata u Finskoj. Studenti ovog postdiplomskog studija stekli su diplome podjednako validne i u BiH, i u Finskoj, a finska diploma priznata je u cijeloj Evropi. Prva promocija ovih internacionalnih magistara pedagoških nauka obavljena je u septembru 2005. godine u sklopu obilježavanja 55. obljetnice osnivanja Filozofskog fakulteta u Sarajevu.

Odsjek je 2007. godine organizirao XIII. Svjetski kongres udruženja komparativnih pedagoga: Živjeti zajedno: edukacija i interkulturalni dijalog. Odsjek je, također, obilježio 50 godina svoga postojanja konferencijom Ka novim iskoracima u odgoju i obrazovanju, 2013.godine. Svoju 55 obljetnicu Odsjek će obilježiti 2018. godine, Drugom međunarodnom znanstveno-stručnom konferencijom.

Nastavnici Odsjeka za pedagogiju redovno surađuju s ustanovama za permanentno stručno usavršavanje i razvoj nastavnika, kako domaćim tako i međunarodnim, sudjeluju u znanstveno-istraživačkom radu na domaćim i stranim projektima (TEPD, CES, COI, OSCE, UNDP, CEEPUS, ERASMUS+) te objavljuju radove u domaćim i stranim časopisima i publikacijama. Neki nastavnici su više puta pozivani kao gostujući profesori na druge univerzitete, u Europi i SAD, koristili su studijske boravke i Fulbright stipendije. Od rata naovamo, Odsjek ostvaruje uspješnu suradnju u razmjeni nastavnika, studenata, literature ili sudjelovanjem u zajedničkim projektima, s nekoliko stranih univerziteta: University of Pittsburgh, University of Dayton, University of Michigan, Teachers College pri Columbia University, Kent-State University, Florida International University, Yale University, SAD, University of Joensuu i University of Jyvaskyla, Finska, te Pedagogičejski Univerzitet «Sergej Jesenjin» – Rjazanj, Rusija, Filozofski fakultet Zagreb, Hrvatska, Filozofski fakultet Ljubljana, Slovenija, Filozofski fakultet Beograd, Srbija. Odsjek je do sada više puta bio domaćin gostujućim profesorima za vrijeme njihovih studijskih boravaka na Univerzitetu u Sarajevu.

Od akademske 2017/18. godine na Odsjeku je pokrenut i poseban program iz oblasti Specijalne pedagogije čime Odsjek odgovara na društvena kretanja i potrebe aktualne pedagoške prakse.

Od osnivanja Odsjeka za pedagogiju nastavu su izvodili kao stalno zaposleni sljedeći nastavnici, suradnici i asistenti: Nikola Filipović, Petar Mandić, Branko Rakić, Muhamed Muradbegović, Darinka Mitrović, Marko Palekčić, Maja Bakić-Đurić, Veljko Banđur, Ismet Dizdarević, Ratko Dunđerović, Renko Đapić, Petar Stojaković, Vladimir Erceg, Nedjeljka Gajanović, Hašim Muminović, Milenko Brkić, Mujo Slatina, Mladen Bevanda, Adila Pašalić-Kreso, Lidija Pehar-Zvačko, Dževdeta Ajanović, Mirjana Mavrak, Azra Jajatović, Fuad Hegić, Amir Pušina, Lejla Kafedžić, Lejla Hodžić, Emina Dedić, Snježana Šušnjara, Sandra Bjelan, Dženeta Camović, Amina Isanović, Anida Sadiković i Meliha Suljagić.

Odsjek je radio i u vrijeme rata zahvaljujući nastavnicima: Nikoli Filipoviću, Hašimu Muminoviću (predsjednik Odsjeka ratnih godina), Muji Slatini, Mladenu Bevandi i asistentici Mirjani Mavrak. Pridonijeli su i radu Odsjeka za psihologiju koji je ostao samo s jednim nastavnikom, Renkom Đapićem.

Sada na Odsjeku rade dva redovna profesora (Hašim Muminović i Lidija Pehar-Zvačko), četiri izvanredna profesora (Mirjana Mavrak, Snježana Šušnjara, trenutno pročelnica Odsjeka, Lejla Kafedžić i Amir Pušina), četiri docentice (Lejla Hodžić, Emina Dedić Bukvić, Dženeta Camović i Sandra Bjelan-Guska), tri više asistentice (Amina Isanović Hadžiomerović, Merima Zukić i Edina Nikšić Rebihić) i dvije asistentice (Anida Sadiković i Meliha Suljagić).